Bereits 1923 wurde mit der Bildung der Flugwissenschaftlichen Arbeitsgruppe C. FLUWIAC der Grundstein der  Fluggeschichte gelegt. Im Jahr 1928 wurde vom Stadtrat der Beschluss gefasst, südlich der Stadt einen Flugplatz anzulegen. In Vorbereitung des Zweiten Weltkrieges zog 1937 das „Luftnachrichten- Lehr- und Versuchsregiment“ auf das Gelände, der Flugplatz wurde jetzt ausschließlich militärisch genutzt. Durch den Bau der Luftwaffenkaserne wurde Köthen Garnisonsstadt.

Tatsächliche Kriegshandlungen, von gelegentlichen Einsätzen einiger Messerschmitt Bf 109 zur Flugabwehr abgesehen, sollen vomFliegerhorst im Zweiten Weltkrieg nicht ausgegangen sein. Im Sommer 1944 stürzte wenige Kilometer südöstlich des Flugplatzes, nahe dem Dorf Gnetsch, eine amerikanische B-17 Flying Fortress auf einen Acker. Am 14. April 1945 wurde der Militärflugplatz von amerikanischen Jagdbombern angegriffen und durch vorrückende Einheiten der 3rd Armored Division eingenommen